Сбои в нормальном иммунном ответе могут происходить из-за нарушения строения клеток или функционирования внутриклеточного аппарата, искажения характера взаимодействия разных видов клеток.

Изменения иммунитета не обязательно носят врожденный характер, значительная их часть появляется на фоне грубых нарушений режима питания, пребывания в экологически загрязненной среде, в результате приема лекарственных веществ. К факторам, которые увеличивают риск развития пищевой аллергии, могут быть также отнесены острые и хронические кишечные инфекции, особенно перенесенные до 9—10 месяцев жизни, нарушения режима и правил вакцинации.